两者的贷款的利率肯定是不同的，根据2010年4月国务院《国十条》规定： 对贷款购买第二套住房的家庭，贷款利率不得低于基准利率的1.1倍。目前央行基准利率不算太高，二套房贷款利率因地域和银行的不同，也会有着差别。目前二套房贷款利率上浮范围在10%-30%，即贷款利率于基准利率的1.1-1.3倍。
我们以公积金贷款为例：
首套房住房公积金贷款利率为五年期以下（含五年）2.75%，五年期以上3.25%。
二套房住房公积金贷款利率为五年期以下（含五年）3.025%，五年期以上3.575%。
