秘鲁孕育了美洲最早人类文明之一的小北史前文明，以及前哥伦布时期美洲的最大国家印加帝国。16世纪，西班牙帝国征服印加帝国，建立秘鲁总督区，包含西班牙在南美洲的大部分殖民地。
秘鲁的原始居民是奇楚亚、艾马拉、莫奇卡和普基纳等印第安人。公元11世纪，印第安人以库斯科城为首府，在高原地区建立了“印加帝国”，农业和手工业高度发展。13世纪，属于奇楚亚的印加部落自库斯科盆地向外扩张，1438年占领整个秘鲁和附近一些地区，建立以库斯科为首府的印加帝国。
1542年，西班牙王室在利马设总督府，建立秘鲁总督区，成为西班牙在南美殖民统治的中心。当时秘鲁商业发达，商人操纵着大部分南美的进出口贸易，西班牙人从南美掠夺的贵重金属及其他物资均从秘鲁运出。
