1、在作用上不同
酒精：酒精能使细菌蛋白变性而起杀菌作用。乙醇浓度超过90%可使菌体表层蛋白质凝固，阻碍乙醇向内渗透从而影响杀菌作用。
碘酒：碘酒是含碘、碘化钾及乙醇。外用用于皮肤消毒。
2、在性质上不同
酒精：具有溶解性，是一种很好的溶剂，酒精能溶解许多物质；潮解性，酒精中具有较强的潮解性，可以很快从空气中吸收水分。并且酒精也非常容易挥发，不会长时间在皮肤上停留。
碘酒：碘酒具有较强的杀菌、收敛作用，会在皮肤的表层出现一层细菌；刺激局部血管扩张，增强血液循环。
3、在颜色上不同
酒精：无色的液体、黏稠度低。上皮肤不会留下痕迹和颜色，容易挥发。
碘酒：红棕色的液体。在皮肤上如果不除碘，便容易在皮肤上留下沉淀并且可能造成皮肤过敏。
