全国985大学一共有39所，分布在18个省市自治区。其中北京地区985高校最多，有8所；其次是上海地区，有4所；湖南与陕西各有3所；辽宁、江苏等7个地区各有2所；吉林、黑龙江等7个地区各有1所。
第一期第一批9所院校，称为C9，主要包括北京大学、清华大学、中国科学技术大学、南京大学、复旦大学、上海交通大学、西安交通大学、浙江大学、哈尔滨工业大学。
第一期工程第二批985大学共26所，包括东南大学、武汉大学、南开大学、天津大学、同济大学、北京师范大学、吉林大学、厦门大学、中山大学、华南理工大学、四川大学、电子科技大学、兰州大学、山东大学、西北工业大学、东北大学、北京理工大学、华中科技大学、中国海洋大学、大连理工大学、北京航空航天大学、湖南大学、中南大学、重庆大学、中国人民大学、中国农业大学。第二期建设985大学4所，分别是中央民族大学、国防科学技术大学、西北农林科技大学、华东师范大学。1998年5月4日，时任国家主席江泽民在庆祝北京大学建校100周年大会上代表中国共产党和中华人民共和国中央人民政府向全社会宣告：“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学。”1999年，国务院批转教育部《面向21世纪教育振兴行动计划》，“985工程”正式启动建设。
“985工程”建设任务为机制创新、队伍建设、平台建设、条件支撑和国际交流与合作等五个方面；采取国家、共建部门和高等学校三级管理方式，以高等学校自我管理为主；建设实行项目管理和绩效考评。“985工程”一期建设率先在北京大学和清华大学开始实施。2004年，根据《2003—2007年教育振兴行动计划》，教育部、财政部印发《教育部、财政部关于继续实施“985工程”建设项目的意见》，启动二期建设。
